La clínica psicoanalítica no puede separarse de la metapsicología que la sustenta. El énfasis en la articulación teórico-clínica que Piera Aulagnier ilustra a lo largo de su obra, tanto en los escritos teóricos como en los historiales se evidencia en su concepto de “teorización flotante”. Trabajo preconsciente del analista en el que esta presente la teoría del funcionamiento psíquico, los elementos que éste guarda en su memoria referidos a la historia del paciente y a la historia transferencial que ambos construyen.

El analista escucha las palabras del paciente, toma aquellas que tienen una particular resonancia afectiva en su propia fantasmática y en su capital teórico para transformar una hipótesis teórica de valor universal en un elemento singular de la historia de ese sujeto. El trabajo de ambos requiere de un compromiso compartido que se juega en el registro de los afectos y en el registro del pensamiento. De ahí que Piera compare al analista con un rudo trabajador dispuesto a arremangarse para ayudar al paciente a salir del camino en el que corre el riesgo de atascarse y no como un asceta del silencio que observa como un espectáculo el intento de aquél para salir de su atolladero. Afecto y sentido son las dos fuerzas que organizan al espacio de la experiencia analítica y que también pueden desorganizarlo; el sufrimiento es el riesgo. Es la calidad, la riqueza o la pobreza del afecto con el que el yo inviste las experiencias que vive, el elemento primordial con el que trabajamos en análisis. El sentido es la posibilidad que tiene el yo de pensar y poner en palabras una experiencia afectiva.

Para Aulagnier la cura no es solamente una apuesta teórica, porque no tiene por fin el descubrimiento de una verdad preexistente sino que el sujeto pueda enlazar las huellas mnémicas, los recuerdos, los pedazos de memoria de un pasado infantil reactivado por la actualidad de la vida cotidiana y por la experiencia transferencial. Referentes que le permitan hablar, pensar, encontrar nuevas significaciones con la intención de elaborar el sufrimiento. Por eso la historia no es un mito congelado sino una historia en movimiento.

Trabajar sobre lo reprimido no es teorizar con el paciente sobre lo reprimido sino sobre los efectos que produce y a los que sin un conocimiento teórico el sujeto atribuye su padecer. Piera privilegia tanto los síntomas como la problemática del sufrimiento. Para lo cual diferencia Ia génesis, el momento de aparición y el intento de resolución del mismo.

La concepción psicoanalítica de la interpretación que propone se fundamenta en los diferentes referentes metapsicológicos. Para ella, es tarea y meta del análisis traer a la luz el conflicto psíquico que está en la base del sufrimiento con la intención de ayudar al paciente a encontrar objetivos singulares que refuercen la acción de Eros a expensas de Tanatos, ampliar el derecho y el placer de pensar, de disfrutar, de existir propiciando un trabajo de sublimación que posibilite al sujeto renunciar a ciertas satisfacciones pulsionales que se oponen al ideal del yo. Tarea solo posible si se establece una relación de intercambio entre analista y analizando que implique compartir fines, objetivos, conocimientos y placeres.

Las “Cuestiones Fundamentales” de la teoría y las lecciones clínicas son el fundamento del proyecto terapéutico de Aulagnier. Llama “Cuestiones Fundamentales” a las temáticas que cada analista privilegia  en su historia profesional sin perder el punto de vista de otros discursos teóricos. Las suyas son: una metapsicología del yo en la cual la constitución del mismo es un devenir, por la tanto en toda su obra insiste en un yo primero historizado para luego ser historiador, interpretado e intérprete, identificado e identificante y nunca libre de la dimensión conflictiva. El proceso identificatorio y la importancia del pensamiento son otros de los ejes teóricos que sustentan su clínica. Hablar de proyecto es enfatizar la dimensión historizante y la temporalidad en relación al proyecto identificatorio y al proyecto terapéutico.

La realidad psíquica al igual que en Freud es pensada como una multiplicidad de "instancias" que obran cada una por su cuenta y persiguen finalidades que le son propias. La especificidad de cada una implica la existencia de un mundo propio de objetos, de modos de relación y de valoraciones singulares para cada instancia. Esta realidad psíquica lleva la impronta de lo histórico-social, mediatizado por el discurso parental. El aparato psíquico recibe un sinfín de enunciados y mandatos identificatorios que procesa, metaboliza a su manera. De ahí que cada encuentro analítico es único y singular.

Propone para el proceso terapéutico cuatro tiempos: el "antes" del encuentro, el "prólogo", el "análisis propiamente dicho” y el "después del encuentro". Prólogo y análisis podrán a posteriori definir exactamente sus tiempos. El antes y el después, por el contrario, son dos recorridos solitarios que convergen hasta el primer encuentro para divergir finalizado el análisis. El “prólogo”, es el período de entrevistas preliminares en el cual ambos participantes deben hacer su elección mutua. Por parte del analista éste tendrá en cuenta las posibilidades de analizabilidad de ese paciente acorde, no a una nosografía psicopatológica, sino a la posibilidad que tenga el analista de investir la relación con ese paciente y de llevar a cabo un trabajo compartido.  Cuando pensamos que el criterio de analizabilidad no puede estar ligado exclusivamente a un diagnóstico psicopatológico es porque sería humillante reducir la historia de una vida a una nosografía psicopatológica, lo cual reduciría a la unidad la complejidad del psiquismo. El sufrimiento presenta diversas caras y esa diversidad debe ser respetada. Una anorexia nerviosa, una neurosis obsesiva, una fobia, un delirio, no pueden ser abordados de la misma manera, no sólo porque se trata de modalidades muy diferentes de sufrimiento psíquico sino también y sea cual sea el sufrimiento del que se trate, porque siempre se inscribe en una historia singular. Prevalencia de una forma de organización psíquica que se auto-organiza de acuerdo a la complejidad de las series complementarias.

Es importante en la demanda de análisis que el paciente pueda reconocer que el sufrimiento que padece es en parte intrapsíquico y que le atribuya cierto poder al saber del analista al que consulta para intentar junto a él encontrar las causas que lo ayuden a aliviarlo. Poder que no debe ser pensado para adquirir un conocimiento teórico de su problemática psíquica ni para encontrar una verdad absoluta sino para buscar la manera de transformar las causas y encontrar elementos para comprender.

Escuchar al paciente no es un "hacer como si", en donde la neutralidad se transforma en un deseo de nada y la atención flotante en una "desatención constante". El tiempo de conclusión no es posible soslayarlo. Como decía Freud la experiencia analítica es una experiencia finita. El devenir del trabajo analítico una vez que hemos estimado que ha llegado a su meta, sigue siendo para el analista, una interrogación.

El "análisis propiamente dicho". A la asociación libre por parte del paciente, que es medio y fin a la vez, se contrapone ese trabajo de "teorización flotante" por parte del analista. Mediante el trabajo de interpretación y construcción el analizando reconstruye el sentido de un fragmento de la historia de su pasado libidinal con el fin de ponerlo al servicio de la singularidad de su proyecto identificatorio actual. La interpretación posibilita la remodelación de sus construcciones fantasmáticas gracias a las cuales el paciente se contaba la historia de su infancia. Esta no busca encontrarse con una experiencia original mítica ni una verdad ultima sino que viene a re-trabajar las diversas interpretaciones que el yo se dio de su propia historia libidinal e identificatoria constituida a partir de la relación de encuentro con el discurso identificante de la madre y los sucesivos encuentros con los otros significativos. Referentes identificatorios en cada historia singular, multiplicidad de voces que vía identificaciones secundarias posibilitan una resignificación permanente de la construcción identificatoria.

Solamente el paciente en su devenir discursivo podrá darnos elementos para ayudarlo a desentrañar la trama de la versión que él se creó sobre su vida. Apropiarse del pasado para transformarlo es trabajo del análisis.

El relato verosímil que le damos al paciente no tiene que transformarse en una elaboración secundaria del analista que lo piensa desde la teoría. Para evitarlo es necesario encontrar las huellas de ese pasado concreto. Tampoco se trata del develamiento de una verdad preexistente ni de la recuperación de un tesoro reprimido.

La construcción que realizan ambos a partir de la resonancia de los acontecimientos actuales sobre la huella que dejaron aquellos que guarda la amnesia infantil es un trabajo de simbolización historizante que posibilita nuevas formas de relación entre instancias. Hay una estrecha relación entre acontecimiento y fantasía. Esta última es producto de una transformación de la realidad material, de los efectos de lo acontecido y de un trabajo de metabolización propio de cada psiquismo. Los acontecimientos no son elementos aislados sino que constituyen tramas complejas, redes de representaciones unidas por el afecto. El análisis lo que busca es hacer inteligibles las tramas; establecer relaciones y hacer posible otras nuevas apelando a la multicausalidad.

Entendemos su propuesta clínica como un acto de curación, de creación, y una ética; ética que es abandonada en aquellas terapias que si bien pueden tener como meta la curación lo hacen mediante la manipulación de la sugestión que habla en su propio nombre, que impone las palabras de un otro que introduce un campo de ilusión y de apaciguamiento, perdiéndose de vista la singularidad del paciente y la diversidad de sentidos.